COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 211 à 240 sur 747 au total
Sterile insect technique and Wolbachia symbiosis as potential tools for the control of the invasive species Drosophila suzukii
Journal of Pest Science . 91 ( 2 ) : 489-503
Article dans une revue
voir la publicationAn attempt to select non-genetic variation in resistance to starvation and reduced chill coma recovery time in Drosophila melanogaster
Journal of Experimental Biology . 221 ( 23 ) : jeb186254
DOI: 10.1242/jeb.186254
Article dans une revue
voir la publicationTransposable Element Dynamics in an Invasive Species
Congrès National des Éléments Transposables (CNET 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationEvaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis
VI Meeting of the Spanish Society for Evolutionary Biology (SESBE) .
Poster
voir la publicationLes sciences historiques : un impensé épistémologique dans l'enseignement de l'évolution
Recherches en éducation .
Article dans une revue
voir la publicationMultiple convergent supergene evolution events in mating-type chromosomes
Nature Communications . 9 ( 1 ) : 2000
Article dans une revue
voir la publicationTanglegrams are misleading for visual evaluation of tree congruence
Pré-publication
voir la publicationPhylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes
BMC Genomics . 19 ( S2 ) : 1-15
Article dans une revue
voir la publicationHelena and BS: two travellers between the genera Drosophila and Zaprionus
Genome Biology and Evolution .
DOI: 10.1093/gbe/evy184
Article dans une revue
voir la publicationSex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
Biology of Sex Differences . 9 ( 1 ) : 1-14
Article dans une revue
voir la publicationGenetic exchange in eukaryotes through horizontal transfer: connected by the mobilome
Mobile DNA . 9 ( 1 ) : 1-16
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of a PCR-RFLP assay to identify Drosophila melanogaster among field-collected larvae
Ecology and Evolution . 8 ( 20 ) : 10067 - 10074
DOI: 10.1002/ece3.4453
Article dans une revue
voir la publicationPersistent Interactions with Bacterial Symbionts Direct Mature-Host Cell Morphology and Gene Expression in the Squid-Vibrio Symbiosis
mSystems . 3 ( 5 )
Article dans une revue
voir la publicationLife History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 12 ) : 2900-2912
Article dans une revue
voir la publicationThe Importance of Revisiting Legionellales Diversity
Trends in Parasitology . 34 ( 12 ) : 1027 - 1037
Article dans une revue
voir la publicationDe Taranis au Jupiter cavalier à l’anguipède : réflexions autour du substrat celtique dans la religion gallo-romaine
Celtic religions in the roman period. Personal, local, and global . Celtics studies publications ( XX ) : 309-324
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationInfluence of Microbial Symbionts on Plant-Insect Interactions
Insect-Plant Interactions in a Crop Protection Perspective . 81 : 225-257
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationBiodiversité, évolution et fonctionnement des écosystèmes
Les Cahiers des prospectives . hors série : 25-33.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
Article dans une revue
voir la publicationPitfalls in supermatrix phylogenomics
European Journal of Taxonomy . 283 : 1-25
DOI: 10.5852/ejt.2017.283
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptomic signatures shaped by cell proportions shed light on comparative developmental biology
Genome Biology . 18 : 29
Article dans une revue
voir la publicationGenome sequencing of the behaviour manipulating virus LbFV reveals a possible new virus family
Genome Biology and Evolution . 8 : 3718-3738
DOI: 10.1093/gbe/evw277
Article dans une revue
voir la publicationObligate dependence does not preclude changing partners in a Russian dolls symbiotic system
Peer Community In Evolutionary Biology . : 1-2
Article dans une revue
voir la publicationManaging cold tolerance and quality of mass-produced Drosophila suzukii flies to facilitate the application of biocontrol through incompatible and sterile insect techniques
Third FAO–IAEA International Conference on Area-wide Management of Insect Pests .
Poster
voir la publicationTEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
Nucleic Acids Research . 45 : 13
DOI: 10.1093/nar/gkw953
Article dans une revue
voir la publicationHigh-Throughput Sequencing of Transposable Element Insertions Suggests Adaptive Evolution of the Invasive Asian Tiger Mosquito Towards Temperate Environments
Molecular Ecology . 26 ( 15 ) : 1-14
DOI: 10.1111/mec.14184
Article dans une revue
voir la publicationThe global impact of Wolbachia on mitochondrial diversity and evolution
Journal of Evolutionary Biology . 30 ( 12 ) : 2204-2210
DOI: 10.1111/jeb.13186
Article dans une revue
voir la publicationSONIFICATION OF PHYLOGENETIC TREES: LISTENING TO EVOLUTION
Journées d'Informatique Musicale (JIM) 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationDeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
Genome Biology and Evolution . 9 ( 5 ) : 1312-1319
DOI: 10.1093/gbe/evx069
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes
Algorithms for Molecular Biology . 12 : 16 (11 pages)
Article dans une revue
voir la publication