COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 601 à 630 sur 768 au total
The evolution of retrotransposon regulatory regions and its consequences on the Drosophila melanogaster and Homo sapiens host genomes
Gene . 390 ( 1-2 ) : 84-91
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voir la publicationBehavioural manipulation of insect parasitoids by a maternally inherited virus: ecological consequences and potential applications for biological control
Entomological Research . 37 : A11-A73
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voir la publicationEvolution and invasion dynamics of multiple infections with Wolbachia investigated using matrix based models.
Journal of Theoretical Biology . 245 : 197-209
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voir la publicationParasitic inhibition of cell death facilitates symbiosis.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 104 ( 1 ) : 213-5
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voir la publicationTomato yellow leaf curl virus transmission efficacy is determined by symbiotic bacteria in the vector the sweet potato whitefly Bemisia tabaci
Entomological Research . 37(1) : A42-A43
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voir la publicationA Survey of the Bacteriophage WO in the Endosymbiotic Bacteria Wolbachia
Molecular Biology and Evolution . 24 : 427-435
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voir la publicationVariable-Number Tandem Repeats as Molecular Markers for Biotypes of Pasteuria ramosa in Daphnia spp
Applied and Environmental Microbiology . 73 : 3715-3718
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voir la publicationEvolutionary Pathways of the tirant LTR Retrotransposon in the Drosophila melanogaster Subgroup of Species
Journal of Molecular Evolution . 64 : 438-447
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voir la publicationMale-killing bacteria trigger a cycle of increasing male fatigue and female promiscuity
Current Biology . 17 : 273-277
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voir la publicationMale rarity and putative sex-role reversal in Fijian damselflies (Odonata)
Journal of Tropical Ecology . 23 : 591-598
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voir la publicationThe solution space of sorting by reversals
3rd International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2007) . 4463 : 293-304
Acte de congrès
voir la publicationEvolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 4 : 301-309
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voir la publicationAdvances on sorting by reversals
Discrete Applied Mathematics . 155 : 881-888
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voir la publicationThéorie des Codes : compression, cryptage, correction
9782100506927 : 352
Ouvrage
voir la publicationGrinding up wheat: A massive loss of nucleotide diversity since domestication
Molecular Biology and Evolution . 24 ( 7 ) : 1506-1517
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voir la publicationThe effects of age at mating on female life-history traits in a seed beetle
Behavioral Ecology . 18 : 551-555
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voir la publicationHorizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms
PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066
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voir la publicationA congruence index for testing topological similarity between trees
Bioinformatics . 23 ( 23 ) : 3119--3124
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voir la publicationMareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates
Bioinformatics . 23 : 2188-2189
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voir la publicationThe Sublethal Effects of Pesticides on Beneficial Arthropods
Annual Review of Entomology . 52 : 81-106
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voir la publicationInteraction between host genotype and environmental conditions affects bacterial density in Wolbachia symbiosis
Biology Letters . 3 : 210-213
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voir la publicationReverse Arrangement of rRNA Subunits in the Microsporidium Glugoides intestinalis
Journal of Eukaryotic Microbiology . 54 : 83-85
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voir la publicationInsertion polymorphism of transposable elements and population structure of Anopheles gambiae M and S molecular forms in Cameroon
Molecular Ecology . 16 : 441-452
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voir la publicationDisrupting the timing of Wolbachia-induced male-killing
Biology Letters . 3 : 154-156
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voir la publicationExtraordinary flux in sex ratio
Science . 317 ( 5835 ) : 214-214
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voir la publicationWhen can host shifts produce congruent host and parasite phylogenies? A simulation approach
Journal of Evolutionary Biology . 20 ( 4 ) : 1428--1438
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voir la publicationComparative genomics and the evolution of prokaryotes
Trends in Microbiology . 15 : 135-141
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voir la publicationGenome characteristics of facultatively symbiotic Frankia sp. strains reflect host range and host plant biogeography
Genome Research . 17 : 7-15
DOI: 10.1101/gr.5798407
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voir la publicationGrinding up wheat: a massive loss of nucleotide diversity since domestication
Molecular Biology and Evolution . 24 : 1506-1517
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voir la publicationMitspieler der Evolution
Spektrum der Wissenschaft . S44 : 44-49
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