GECO Evolutionary and Computational Genomics

Bioinformatics, Phylogeny and Evolutionary Genomics Group

Perrière Guy

Directeur de recherche

CNRS

Address: 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tel: 33 04 72 44 62 96

Email

Twitter

Depuis mon recrutement au CNRS en 1992, mes recherches se situent dans le cadre de la bioinformatique appliquée à la génomique et à l'évolution moléculaire. Cette approche implique aussi bien des aspects de développements méthodologiques que d'analyse des données. Plus précisément, mes travaux portent la phylogénie de différents organismes (principalement bactériens) et de familles de gènes. A ce titre, j'ai participé au développement de nombreux logiciels et bases de données qui m'ont ensuite servi de socle pour mes recherches en phylogénie.

Un deuxième point important est le fort investissement que j'ai réalisé au cours de ma carrière dans le management de la recherche et la prise de responsabilités collectives. De janvier 2006 à février 2010, j'ai été président de la SFBI, la société savante dédiée à la promotion et à la diffusion des travaux de la bioinformatique française. C'est cette société qui parraine JOBIM, la conférence nationale de bioinformatique organisée tous les ans depuis 2000. Par ailleurs, j'ai effectué deux mandats de cinq ans (de 2010 à 2020) à la direction du PRABI-AMSB, la plateforme de services en bioinformatique de l'UCBL.

Suite à la cessation de mes activités de direction de plateforme, j'ai pu entamer une collaboration suivie avec le groupe de Christopher Lefèvre au BIAM. Cette collaboration porte sur la résurrection des protéines ancestrales du magnétosome, un organelle impliqué dans la magnétotaxie chez certaines espèces bactériennes. Cette collaboration s'est concrétisée par un financement conjoint entre l'ANR et la DFG pour la période 2021-2023 (projet ANCESMAG)

Publications

Display of 61 to 80 publications on 80 in total

Analysis of pFQ31 a 8551-bp cryptic plasmid from the symbiotic nitrogen-fixing actinomycete Frankia

C. Lavire, D. Louis, G. Perrière, J. Briolay, P. Normand, B. Cournoyer

FEMS Microbiology Letters . 197 : 111-116

DOI: 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10591.x

Journal article

see the publication

Intragenomic base content variation is a potential source of biases when searching for horizontally transferred genes

Stéphane Guindon, G. Perrière

Molecular Biology and Evolution . 18 ( 9 ) : 1838-1840

DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003972

Journal article

see the publication

HOBACGEN: database system for comparative genomics in bacteria

G. Perrière, L. Duret, Manolo Gouy

Genome Research . 10 : 379-385

DOI: 10.1101/gr.10.3.379

Journal article

see the publication

EMGLib: the enhanced microbial genomes library (update 2000)

G. Perrière, P. Bessieres, B. Labedan

Nucleic Acids Research . 28 ( 1 ) : 68-71

DOI: 10.1093/nar/28.1.68

Journal article

see the publication

The Enhanced Microbial Genomes Library

G. Perrière, P. Bessieres, B. Labedan

Nucleic Acids Research . 27 : 63-65

Journal article

see the publication

JaDis: computing distances between nucleic acid sequences

I. Goncalves, M. Robinson, G. Perrière, Dominique Mouchiroud

Bioinformatics . 15 : 424-425

Journal article

see the publication

The non-redundant Bacillus subtilis (NRSub) database: update 1998

G. Perrière, Manolo Gouy, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 26 ( 1 ) : 60-62

DOI: 10.1093/nar/26.1.60

Journal article

see the publication

The NRSub database: update 1997

G. Perrière, I. Moszer, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 25 : 53-56

Journal article

see the publication

On-line tools for sequence retrieval and multivariate statistics in molecular biology

G. Perrière, J. Thioulouse

Computer Applications in the Biosciences . 12 : 63-69

Journal article

see the publication

Correspondence discriminant analysis: a multivariate method for comparing classes of protein and nucleic acid sequences

G. Perrière, J.R. Lobry, J. Thioulouse

Computer Applications in the Biosciences . 12 : 519-524

Journal article

see the publication

LALNVIEW: a graphical viewer for pairwise sequence alignments

L. Duret, E. Gasteiger, G. Perrière

Computer Applications in the Biosciences . 12 : 507-510

Journal article

see the publication

NRSub: a non-redundant database for Bacillus subtilis

G. Perrière, I. Moszer, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 24 : 41-45

Journal article

see the publication

NRSub: a non-redundant data base for the Bacillus subtilis genome

G. Perrière, Manolo Gouy, T. Gojobori

Nucleic Acids Research . 22 ( 25 ) : 5525-5529

DOI: 10.1093/nar/22.25.5525

Journal article

see the publication

ColiGene: object-centered representation for the study of E coli gene expressivity by sequence analysis

G. Perrière, Christian Gautier

Biochimie . 75 : 415-422

Journal article

see the publication

Building large knowledge bases in molecular biology

O. Schmeltzer, C. Medigue, P. Uvietta, F. Rechenmann, F. Dorkeld, G. Perrière...

In Proceedings of the First International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 1 : 345-353

Journal article

see the publication

Object-oriented knowledge bases for the analysis of prokaryotic and eukaryotic genomes

G. Perrière, F. Dorkeld, F. Rechenmann, Christian Gautier

In Proceedings of the 1st International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 1 : 319-327

Journal article

see the publication

Primary structure of the intergenic region between aceK and iclR in the Escherichia coli chromosome.

A. Galinier, F. Bleicher, D. Negre, G. Perriere, B. Duclos, Aj Cozzone...

Gene . 97 : 149-150

Journal article

see the publication

Regulation of the acetate operon in Escherichia coli: purification and functional characterization of the IclR repressor.

Jc Cortay, D. Negre, A. Galinier, B. Duclos, G. Perriere, Aj Cozzone

EMBO Journal . 10 : 675-679

Journal article

see the publication