GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Perrière Guy
Directeur de recherche
CNRS
Depuis mon recrutement au CNRS en 1992, mes recherches se situent dans le cadre de la bioinformatique appliquée à la génomique et à l'évolution moléculaire. Cette approche implique aussi bien des aspects de développements méthodologiques que d'analyse des données. Plus précisément, mes travaux portent la phylogénie de différents organismes (principalement bactériens) et de familles de gènes. A ce titre, j'ai participé au développement de nombreux logiciels et bases de données qui m'ont ensuite servi de socle pour mes recherches en phylogénie.
Un deuxième point important est le fort investissement que j'ai réalisé au cours de ma carrière dans le management de la recherche et la prise de responsabilités collectives. De janvier 2006 à février 2010, j'ai été président de la SFBI, la société savante dédiée à la promotion et à la diffusion des travaux de la bioinformatique française. C'est cette société qui parraine JOBIM, la conférence nationale de bioinformatique organisée tous les ans depuis 2000. Par ailleurs, j'ai effectué deux mandats de cinq ans (de 2010 à 2020) à la direction du PRABI-AMSB, la plateforme de services en bioinformatique de l'UCBL.
Suite à la cessation de mes activités de direction de plateforme, j'ai pu entamer une collaboration suivie avec le groupe de Christopher Lefèvre au BIAM. Cette collaboration porte sur la résurrection des protéines ancestrales du magnétosome, un organelle impliqué dans la magnétotaxie chez certaines espèces bactériennes. Cette collaboration s'est concrétisée par un financement conjoint entre l'ANR et la DFG pour la période 2021-2023 (projet ANCESMAG)
Publications
Affichage des publications 61 à 80 sur 80 au total
Analysis of pFQ31 a 8551-bp cryptic plasmid from the symbiotic nitrogen-fixing actinomycete Frankia
FEMS Microbiology Letters . 197 : 111-116
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voir la publicationIntragenomic base content variation is a potential source of biases when searching for horizontally transferred genes
Molecular Biology and Evolution . 18 ( 9 ) : 1838-1840
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voir la publicationThe Enhanced Microbial Genomes Library
Nucleic Acids Research . 27 : 63-65
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voir la publicationHOBACGEN: database system for comparative genomics in bacteria
Genome Research . 10 : 379-385
DOI: 10.1101/gr.10.3.379
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voir la publicationEMGLib: the enhanced microbial genomes library (update 2000)
Nucleic Acids Research . 28 ( 1 ) : 68-71
DOI: 10.1093/nar/28.1.68
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voir la publicationJaDis: computing distances between nucleic acid sequences
Bioinformatics . 15 : 424-425
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voir la publicationHOVERGEN: comparative analysis of homologous vertebrate genes
incollection . 978-0-7923-8573-8 : 21-35
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationThe non-redundant Bacillus subtilis (NRSub) database: update 1998
Nucleic Acids Research . 26 ( 1 ) : 60-62
DOI: 10.1093/nar/26.1.60
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voir la publicationThe NRSub database: update 1997
Nucleic Acids Research . 25 : 53-56
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voir la publicationOn-line tools for sequence retrieval and multivariate statistics in molecular biology
Computer Applications in the Biosciences . 12 : 63-69
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voir la publicationWWW-query: an on-line retrieval system for biological sequence banks
Biochimie . 78 ( 5 ) : 364-369
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voir la publicationCorrespondence discriminant analysis: a multivariate method for comparing classes of protein and nucleic acid sequences
Computer Applications in the Biosciences . 12 : 519-524
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voir la publicationNRSub: a non-redundant database for Bacillus subtilis
Nucleic Acids Research . 24 : 41-45
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voir la publicationLALNVIEW: a graphical viewer for pairwise sequence alignments
Computer Applications in the Biosciences . 12 : 507-510
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voir la publicationNRSub: a non-redundant data base for the Bacillus subtilis genome
Nucleic Acids Research . 22 ( 25 ) : 5525-5529
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voir la publicationColiGene: object-centered representation for the study of E coli gene expressivity by sequence analysis
Biochimie . 75 : 415-422
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voir la publicationBuilding large knowledge bases in molecular biology
In Proceedings of the First International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 1 : 345-353
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voir la publicationObject-oriented knowledge bases for the analysis of prokaryotic and eukaryotic genomes
In Proceedings of the 1st International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 1 : 319-327
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voir la publicationRegulation of the acetate operon in Escherichia coli: purification and functional characterization of the IclR repressor.
EMBO Journal . 10 : 675-679
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voir la publicationPrimary structure of the intergenic region between aceK and iclR in the Escherichia coli chromosome.
Gene . 97 : 149-150
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