GECO Evolutionary and Computational Genomics
Bioinformatics, Phylogeny and Evolutionary Genomics Group
Perrière Guy
Directeur de recherche
CNRS
Depuis mon recrutement au CNRS en 1992, mes recherches se situent dans le cadre de la bioinformatique appliquée à la génomique et à l'évolution moléculaire. Cette approche implique aussi bien des aspects de développements méthodologiques que d'analyse des données. Plus précisément, mes travaux portent la phylogénie de différents organismes (principalement bactériens) et de familles de gènes. A ce titre, j'ai participé au développement de nombreux logiciels et bases de données qui m'ont ensuite servi de socle pour mes recherches en phylogénie.
Un deuxième point important est le fort investissement que j'ai réalisé au cours de ma carrière dans le management de la recherche et la prise de responsabilités collectives. De janvier 2006 à février 2010, j'ai été président de la SFBI, la société savante dédiée à la promotion et à la diffusion des travaux de la bioinformatique française. C'est cette société qui parraine JOBIM, la conférence nationale de bioinformatique organisée tous les ans depuis 2000. Par ailleurs, j'ai effectué deux mandats de cinq ans (de 2010 à 2020) à la direction du PRABI-AMSB, la plateforme de services en bioinformatique de l'UCBL.
Suite à la cessation de mes activités de direction de plateforme, j'ai pu entamer une collaboration suivie avec le groupe de Christopher Lefèvre au BIAM. Cette collaboration porte sur la résurrection des protéines ancestrales du magnétosome, un organelle impliqué dans la magnétotaxie chez certaines espèces bactériennes. Cette collaboration s'est concrétisée par un financement conjoint entre l'ANR et la DFG pour la période 2021-2023 (projet ANCESMAG)
Publications
Display of 1 to 30 publications on 80 in total
ISMB/ECCB 2023 organization benefited from the strengths of the French bioinformatics community
Bioinformatics Advances . 4 ( 1 ) : vbae040
Journal article
see the publicationExperimental analysis of diverse actin-like proteins from various magnetotactic bacteria by functional expression in Magnetospirillum gryphiswaldense
mBio . 14 ( 5 )
Journal article
see the publicationExploring protein space: From hydrolase to ligase by substitution
Molecular Biology and Evolution .
Journal article
see the publicationRepeated horizontal gene transfers triggered parallel evolution of magnetotaxis in two evolutionary divergent lineages of magnetotactic bacteria
The International Society of Microbiologial Ecology Journal .
Journal article
see the publicationFrom conservation to structure, studies of magnetosome associated cation diffusion facilitators (CDF) proteins in Proteobacteria
PLoS ONE . 15 ( 4 ) : e0231839
Journal article
see the publicationDevelopment of a dual RNA-seq strategy to unravel the molecular bases of host-symbiont interactions
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome .
Poster
see the publicationArticle 22. Crise du stockage: conserver les molécules d'ADN ou les données informatiques de l'ADN ?
101 Secrets de l'ADN. CNRS Editions, Paris, pp 90-91 . : 90-91
Book chapter
see the publicationGenomic study of a novel magnetotactic Alphaproteobacteria uncovers the multiple ancestry of magnetotaxis
Environmental Microbiology .
Journal article
see the publicationIsoSel: Protein Isoform Selector for phylogenetic reconstructions
PLoS ONE . 12 : e0174250
Journal article
see the publicationQualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
La génomique environnementale . 978-1-78405-151-8 : 180 p.
Book chapter
see the publicationAnalyse de 32 souches de Legionella pneumophila de sévérités variables afin d'identifier les déterminants de la pathogénicité
JOBIM 2015 - 16èmes Journées Ouvertes en BIologie, Informatique et Mathématiques .
Poster
see the publicationEvolutionary history of phosphatidylinositol- 3-kinases: ancestral origin in eukaryotes and complex duplication patterns
BMC Evolutionary Biology . 15 : 226
Journal article
see the publicationMolecular and functional evolution of the fungal diterpene synthase genes
BMC Microbiology . 15 ( 1 ) : 221
Journal article
see the publicationleBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 251
Journal article
see the publicationGénomes, protéomes et transcriptomes à foison
Pour la science . 433 : 38--39
Journal article
see the publicationTPMS: a set of utilities for querying collections of gene trees.
BMC Bioinformatics . 14 : 109
Journal article
see the publicationToward community standards in the quest for orthologs
Bioinformatics . 28 ( 6 ) : 900-904
Journal article
see the publicationReNaBi-IFB : The French Bioinformatics Infrastructure
EMBNet.journal . 18 : 12-13
DOI: 10.14806/ej.18.1.502
Journal article
see the publicationBioinformatics developments for NGS data analysis at PRABI
EMBNet.journal . 17 : 12
Journal article
see the publicationTpms: a Tree Pattern-matching Utility for Querying Gene Trees Collections
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) . : 111-112
Conference paper
see the publicationApport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes
1ères Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA . : 1 p.
Conference paper
see the publicationConcepts et méthodes en phylogénie moléculaire
Springer . 978-2-287-99047-2
Book
see the publicationConcepts et méchodes en phylogénie moléculaire
incollection . -- : 63-65
Journal article
see the publicationProposals for classification methods dedicated to biological data
International Journal of Biomedical Engineering and Technology (IJBET) . 3 ( 1/2 ) : 4-21
Journal article
see the publicationDatabases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics
BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13
Journal article
see the publicationBioinformatics in the complete genome sequence era
Biochimie . 90 : 553-554
Journal article
see the publicationDémasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN
7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7
Conference paper
see the publicationAutomatic Identification of Large Collections of Protein-Coding or rRNA Sequences
Biochimie . 90 ( 4 ) : 609-614
Journal article
see the publication