GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1351 à 1380 sur 1415 au total
BTG1, a member of a new family of antiproliferative genes.
EMBO Journal . 11 ( 4 ) : 1663-1670
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voir la publicationInsect muscle actins differ distinctly from invertebrate and vertebrate cytoplasmic actins
Journal of Molecular Evolution . 34 : 406-415
DOI: 10.1007/BF00162997
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voir la publicationEvolution of the primate beta-globin gene region: nucleotide sequence of the delta-beta-globin intergenic region of gorilla and phylogenetic relationships between African apes and man
Journal of Molecular Evolution . 34 : 17-30
DOI: 10.1007/BF00163849
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voir la publicationMonod's bacterial growth model revisited
Bulletin of Mathematical Biology . 54(1) : 117-122
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voir la publicationMaintenance requirements of Escherichia coli ATCC 25922 in the presence of sub-inhibitory concentrations of various antibiotics
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 29 : 121-127
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voir la publicationMarinobacter hydrocarbonoclasticus gen. nov., sp. nov., a new, extremely halotolerant, hydrocarbon-degrading marine bacterium.
International Journal of Systematic Bacteriology . 42 ( 4 ) : 568-76
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voir la publicationAn analysis of partial 28S ribosomal RNA sequence suggests early radiations of sponges
BioSystems . 28 : 139-151
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voir la publicationA FORTRAN subroutine for the determination of parameter confidence limits in non-linear Models
Binary . 3 : 86-93
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voir la publicationSusceptibility to Aminoglycosides of 63 Strains of Stomatococcus mucilaginosus Isolated from Sputum
Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 276 ( 1 ) : 63-67
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voir la publication[Expert systems and antibiotic sensitivity test].
Annales de Biologie Clinique . 49 ( 3 ) : 166-71
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voir la publicationCoagulase-negative staphylococci emerging during teicoplanin therapy and problems in the determination of their sensitivity
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 27 ( 4 ) : 475-480
DOI: 10.1093/jac/27.4.475
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voir la publicationIdentification des organismes et construction de phylogénies moléculaires par comparaison de séquences d'acides nucléiques
Océanis : Série de documents océanographiques . 17 ( 3 ) : 239-256
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voir la publicationRegulation of the acetate operon in Escherichia coli: purification and functional characterization of the IclR repressor.
EMBO Journal . 10 : 675-679
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voir la publicationPrimary structure of the intergenic region between aceK and iclR in the Escherichia coli chromosome.
Gene . 97 : 149-150
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voir la publicationComparison of estimates of Monod's growth model from the same data set
Binary . 3 : 20-23
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voir la publicationTime-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B
Pathologie Biologie . 39 : 446-450
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voir la publicationEtude sur quatre ans des cas de yersiniose dans un service d'hépato-gastro-entérologie de la région lyonnaise
Médecine et Maladies Infectieuses (1971-2020) . 21 : 371-375
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voir la publication[Influence of the culture medium (Isosensitest or Mueller-Hinton) on the results of antibiotics susceptibility testing and its interpretation].
Pathologie Biologie . 39 ( 5 ) : 455-60
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voir la publication[Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B].
Pathologie Biologie . 39 ( 5 ) : 446-50
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voir la publicationBiphasic kinetics of bacterial killing by quinolones
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 27 ( 3 ) : 319-327
DOI: 10.1093/jac/27.3.319
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voir la publicationStatistical tests of molecular phylogenies
Methods in Enzymology . 183 : 645-659
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voir la publicationPreparation of a Latex Reagent for the Detection of Anti-Staphylococcus aureus Ribitol Teichoic Acid Antibodies
Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 274 ( 1 ) : 50-60
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voir la publication[Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins].
Pathologie Biologie . 38 ( 5 ) : 441-5
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voir la publicationMathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins
Pathologie Biologie . 38 : 441-445
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voir la publicationMolecular phylogeny of Rodentia Lagomorpha Primates Artiodactyla and Carnivora and molecular clocks
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 87 ( 17 ) : 6703-6707
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voir la publicationIsolation ofSporosarcina ureae from a bronchial biopsy in a child with cystic fibrosis
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 9 ( 4 ) : 302-303
DOI: 10.1007/bf01968068
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voir la publicationMolecular phylogeny of the kingdoms Animalia Plantae and Fungi
Molecular Biology and Evolution . 6 ( 2 ) : 109-122
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voir la publicationPhylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree
Nature . 339 : 145-147
DOI: 10.1038/339145a0
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voir la publication[Value of enzymuria during antibacterial therapy].
Pathologie Biologie . 37 ( 5 Pt 2 ) : 657-63
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voir la publicationBacterial Strain Characterization Using Mathematical Modelling of Growth
Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 271 ( 1 ) : 2-10
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