Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste
Membres
Assistante ingénieure CDD
UCBL
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 13 37
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Thématiques de recherche
Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques).
Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles
L’idée fondatrice de notre groupe de recherche est de combiner différentes approches (suivis de systèmes hôtes-parasites sur le terrain, modélisation mathématique) pour analyser les maladies infectieuses sous de multiples perspectives (écologie, évolution, épidémiologie, microbiologie, santé publique), en intégrant différents niveaux d’organisation (du gène à la communauté d’hôtes) et des aspects complexes (longévité des hôtes, comportements, structures des populations et des communautés, interactions entre agents infectieux) qui sont souvent exclus de la recherche de facteurs explicatifs possibles. Nous cherchons à comprendre la dynamique des agents infectieux, leurs modes de transmission, leur impact sur les populations hôtes, à identifier les hôtes les plus susceptibles d’être affectés et les circonstances dans lesquelles ces agents infectieux sont capables de franchir les barrières d’espèces.
Nous nous intéressons à un large éventail de systèmes hôtes-parasites, comme les rétrovirus chez les mandrills, les maladies hémorragiques des lapins et lièvres, la myxomatose chez le lapin, les principales maladies des chats, la grippe, les maladies infectieuses émergentes (e.g., hantavirus). Plus récemment, nous développons des études sur les interactions entre les chauves-souris et leurs virus.
Les travaux sur le modèle chauves-souris – virus portent sur plusieurs aspects : l’organisation des populations et des communautés en zone tempérée (France métropolitaine) et sous les tropiques (Guyane, Gabon), l’hybridation entre espèces, les déterminants génétiques et moléculaires des interactions chauves-souris – virus, les modalités de franchissement de la barrière d’espèce, les implications pour leur conservation.
Les projets de recherche en métropole sont construits avec les associations de naturalistes. Nous bénéficions d’un réseau de bénévoles à large échelle géographique.
- Film documentaire : "L'écho du Grand Rhinolophe" (produit par P. Cottaz).
https://vimeo.com/435059221/7a3f18d6ba
Développements méthodologiques
Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses
L’analyse de données issues du suivi des maladies infectieuses constitue un défi méthodologique pour plusieurs raisons. Tout d’abord, le changement de statut infectieux d’un hôte dépend du statut des autres hôtes (à cause de la contamination, créant ainsi de la dépendance statistique entre les individus d’un même échantillon), celui-ci étant inconnu chez les individus non observés. Ensuite, le changement de statut des individus dans le temps obéit à un processus dynamique dont l’analyse implique l’utilisation de modèles adaptés (par exemple, de type markovien). Notre équipe s’intéresse donc à l’utilisation de ces modèles dynamique-statistiques pour analyser comment certains facteurs (comportementaux, météorologiques, etc.) affectent la diffusion de maladies infectieuses.
Analyse de données complexes en écologie
Les suivis en écologie, bien que standardisés autant que possible, présentent une complexité bien plus grande que les recherches en conditions contrôlées. Ainsi, même si de nombreux outils ont déjà été développés pour répondre aux besoins de l’écologie, il est fréquent de devoir soit ajuster les outils existants au cas par cas, soit d’en développer des nouveaux. Une thématique importante de notre équipe est donc le développement d’outils « sur mesure » s’ajustant au mieux à la spécificité de nos jeux de données.
Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon
Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.
Co-Direction (D Pontier & FL Cosset) du LabEx Ecofect (http://ecofect.universite-lyon.fr/)
Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherche médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.
Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »
Co-direction (D Pontier & L Perino) du DU (http://bem-univ.fr/)
La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.
- Vidéo de présentation : https://vimeo.com/212734930
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 179 au total
A multi-patch epidemic model with periodic demography, direct and indirect transmission and variable maturation rate
Mathematical Population Studies . 13 ( 3 ) : 153-177
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voir la publicationWaning of maternal immunity and the impact of diseases: the example of myxomatosis in natural rabbit populations
Journal of Theoretical Biology . 242 : 81-89
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voir la publicationWhat determines testis size in the domestic cat (Felis catus L.)?
Biological Letters . 43 : 41-49
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voir la publicationHow predator food preference can change the destinity of native prey in predator-prey systems
Biological Invasions . 7 : 795-806
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voir la publicationMeasuring diversity from dissimilarities with Rao`s quadratic entropy: are any dissimilarity indices suitable?
Theoretical Population Biology . 67 : 231-239
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voir la publicationInvading introduced species in insular heterogeneous environments
Ecological Modelling . 188 : 62-75
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voir la publicationInterêts des modéles detérministes et stochastiques en épidémiologie des maladies infectieuses : exemple du Hantavirus Puumala
Epidémiologie et Santé Animale . 47 : 63-82
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voir la publicationGenetic structure of the feral cat (Felis catus L.) introduced 50 years ago to a sub-Antarctic island
Polar Biology . 28 : 268-275
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voir la publicationBold attitude makes male urban feral domestic cats more vulnerable to Feline Immunodeficiency Virus
Neuroscience and Biobehavioral Reviews . 29 : 151-157
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voir la publicationGeneration time: a reliable metric to measure life-history variation among mammalian populations
The American Naturalist . 166 : 119-123
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voir la publicationIncidence and persistence of classical swine fever in free-ranging wild boar (Sus scrofa)
Epidemiology and Infection . 133 : 559-568
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voir la publicationIncidence and persistence of classical swine fever in free-ranging wild boar (Sus scrofa)
Epidemiology and Infection . 133 ( 3 ) : 559-568
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voir la publicationLong-term monitoring of classical swine fever in wild boar (Sus scrofa sp) using serological data
Veterinary Research . 36 ( 1 ) : 27-42
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voir la publicationLong-term monitoring of classical swine fever in wild boar (Sus scrofa sp.) using serological data.
Veterinary Research . -- : 27-42
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voir la publicationLong-term monitoring of classical swine fever in wild boar (Sus scrofa sp.) using serological data
Veterinary Research . 36 ( 1 ) : 27-42
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voir la publicationAntibodies to Aleutian Mink Disease Parvovirus in free-ranging small carnivores from south-western France: implication for the conservation of the European mink (Mustela lutreola)
Journal of wildlife diseases . 40 : 394-402
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voir la publicationIs there geographical variation in human handedness?
Laterality . 9 : 35-52
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voir la publicationStudent athletes claim to have more sexual partners than other students
Evolution and Human Behavior . 25 : 1-8
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voir la publicationAn age-dependent model describing the spread of panleucopenia virus within feline populations.
Banach Center Publications Polish Academy of Science . 63 : 197-207
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voir la publicationMolecular and behavioural analyses reveal male-biased dispersal between social groups of domestic cats
Ecoscience . 11 : 175-180
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voir la publicationEffective size of two feral domestic cat populations (Felis catus L.): effect of the mating system
Molecular Ecology . 13 ( 2 ) : 483-490
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voir la publicationSpacing pattern in a social group of stray cats: effects on male reproductive success
Animal Behaviour . 68 : 175-180
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voir la publicationDoes social complexity lead to sex-biased dispersal in polygynous mammals ? A test on ground-dwelling sciurids.
Behavioral Ecology . 15 : 83-87
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voir la publicationBehavioral plasticity and virus propagation: the FIV-cat population example
Theoretical Population Biology . 64 : 11-24
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voir la publicationMate fidelity in monogamous birds: a re-examination of the Procellariiformes
Animal Behaviour . 65 : 235-246
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voir la publicationModeling transmission of directly transmitted infectious diseases using colored stochastic Petri nets
Mathematical Biosciences . 185 : 1-13
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voir la publicationModelling hantavirus in fluctuating populations of bank voles: the role of indirect transmission on virus persistence
Journal of Animal Ecology . 72 : 1-13
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voir la publicationDispersal pattern of domestic cats (Felis catus) in a promiscuous urban population: do females disperse or die?
Journal of Animal Ecology . 72 : 203-211
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voir la publicationDisease propagation in connected host populations with density-dependent dynamics: the case of the Feline Leukemia Virus
Journal of Theoretical Biology . 223 ( 4 ) : 465-475
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voir la publicationMicrospatial genetic heterogeneity and gene flow in stray cats (Felis catus L.): a comparison of coat colour and microsatellite loci
Molecular Ecology . 12 : 1669-1674
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