Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste
Membres
Assistante ingénieure CDD
UCBL
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 13 37
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Thématiques de recherche
Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques).
Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles
L’idée fondatrice de notre groupe de recherche est de combiner différentes approches (suivis de systèmes hôtes-parasites sur le terrain, modélisation mathématique) pour analyser les maladies infectieuses sous de multiples perspectives (écologie, évolution, épidémiologie, microbiologie, santé publique), en intégrant différents niveaux d’organisation (du gène à la communauté d’hôtes) et des aspects complexes (longévité des hôtes, comportements, structures des populations et des communautés, interactions entre agents infectieux) qui sont souvent exclus de la recherche de facteurs explicatifs possibles. Nous cherchons à comprendre la dynamique des agents infectieux, leurs modes de transmission, leur impact sur les populations hôtes, à identifier les hôtes les plus susceptibles d’être affectés et les circonstances dans lesquelles ces agents infectieux sont capables de franchir les barrières d’espèces.
Nous nous intéressons à un large éventail de systèmes hôtes-parasites, comme les rétrovirus chez les mandrills, les maladies hémorragiques des lapins et lièvres, la myxomatose chez le lapin, les principales maladies des chats, la grippe, les maladies infectieuses émergentes (e.g., hantavirus). Plus récemment, nous développons des études sur les interactions entre les chauves-souris et leurs virus.
Les travaux sur le modèle chauves-souris – virus portent sur plusieurs aspects : l’organisation des populations et des communautés en zone tempérée (France métropolitaine) et sous les tropiques (Guyane, Gabon), l’hybridation entre espèces, les déterminants génétiques et moléculaires des interactions chauves-souris – virus, les modalités de franchissement de la barrière d’espèce, les implications pour leur conservation.
Les projets de recherche en métropole sont construits avec les associations de naturalistes. Nous bénéficions d’un réseau de bénévoles à large échelle géographique.
- Film documentaire : "L'écho du Grand Rhinolophe" (produit par P. Cottaz).
https://vimeo.com/435059221/7a3f18d6ba
Développements méthodologiques
Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses
L’analyse de données issues du suivi des maladies infectieuses constitue un défi méthodologique pour plusieurs raisons. Tout d’abord, le changement de statut infectieux d’un hôte dépend du statut des autres hôtes (à cause de la contamination, créant ainsi de la dépendance statistique entre les individus d’un même échantillon), celui-ci étant inconnu chez les individus non observés. Ensuite, le changement de statut des individus dans le temps obéit à un processus dynamique dont l’analyse implique l’utilisation de modèles adaptés (par exemple, de type markovien). Notre équipe s’intéresse donc à l’utilisation de ces modèles dynamique-statistiques pour analyser comment certains facteurs (comportementaux, météorologiques, etc.) affectent la diffusion de maladies infectieuses.
Analyse de données complexes en écologie
Les suivis en écologie, bien que standardisés autant que possible, présentent une complexité bien plus grande que les recherches en conditions contrôlées. Ainsi, même si de nombreux outils ont déjà été développés pour répondre aux besoins de l’écologie, il est fréquent de devoir soit ajuster les outils existants au cas par cas, soit d’en développer des nouveaux. Une thématique importante de notre équipe est donc le développement d’outils « sur mesure » s’ajustant au mieux à la spécificité de nos jeux de données.
Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon
Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.
Co-Direction (D Pontier & FL Cosset) du LabEx Ecofect (http://ecofect.universite-lyon.fr/)
Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherche médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.
Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »
Co-direction (D Pontier & L Perino) du DU (http://bem-univ.fr/)
La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.
- Vidéo de présentation : https://vimeo.com/212734930
Publications
Affichage des publications 61 à 90 sur 179 au total
Behavioural and physiological indicators of shelter dogs' welfare: Reflections on the no-kill policy on free-ranging dogs in Italy revisited on the basis of 15 years of implementation
Physiology & behavior . 133 : 223-9
Article dans une revue
voir la publicationExploration forays in juvenile European hares (Lepus europaeus): dispersal preludes or hunting-induced troubles?
BMC Ecology . 14 : 6
Article dans une revue
voir la publicationAccounting for sampling error when inferring population synchrony from time-series data: a bayesian state-space modelling approach with applications
PLoS ONE . 9 : e87084
Article dans une revue
voir la publicationEarly infections by myxoma virus of young rabbits (Oryctolagus cuniculus) protected by maternal antibodies activate their immune system and enhance herd immunity in wild populations.
Veterinary Research . 45 ( 1 ) : 26
Article dans une revue
voir la publicationHow reliable are morphological and anatomical characters to distinguish European wildcats, domestic cats and their hybrids in France?
Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research . 52 : 154-162
DOI: 10.1111/jzs.12049
Article dans une revue
voir la publicationQuantifying transmission by stage of infection in the field: The example of SIV-1 and STLV-1 infecting mandrills.
American Journal of Primatology .
DOI: 10.1002/ajp.22346
Article dans une revue
voir la publicationMovements and space use of feral cats in Kerguelen archipelago: a pilot study with GPS data
Polar Biology . 36 : 1531--1536
Article dans une revue
voir la publicationÀ l\textquoterightécole de Jean-Marie Legay
Natures Sciences Sociétés . 21 : 98--98
DOI: 10.1051/nss/2013088
Article dans une revue
voir la publicationLA SANTÉ ANIMALE PERÇUE À LA LUMIÈRE DE L’ÉCOLOGIE ET DE L’ÉVOLUTION
Bulletin académique des vétérinaires de France . ( 1-4 ) : 354
DOI: 10.4267/2042/53062
Article dans une revue
voir la publicationInfluence of vector spatial dispersal on virulence evolution and prevalence of pathogen in stochastic environment, example of Chagas disease
Modelling Biological Evolution 2013 : Recent Progress, Current Challenges and Future Directions .
Acte de congrès
voir la publicationDifferential association between circulating testosterone and infection risk by several viruses in natural cat populations: a behavioural-mediated effect?
Parasitology . 140 ( 4 ) : 521-9
Article dans une revue
voir la publicationMonitoring population size of mammals using a spotlight-count-based abundance index: How to relate the number of counts to the precision?
Ecological Indicators . 18 : 599--607
Article dans une revue
voir la publicationA multi-event model to study stage-dependent dispersal in radio-collared hares: when hunting promotes costly transience
Ecology . 93 ( 6 ) : 1305 - 1316
DOI: 10.1890/11-1742.1
Article dans une revue
voir la publicationNatural simian immunodeficiency virus transmission in mandrills: a family affair?
Biology Letters . 279 ( 1742 ) : 3426-35
Article dans une revue
voir la publicationEmergence and prevalence of human vector-borne diseases in sink vector populations
PLoS ONE . 7 ( 5 ) : e36858
Article dans une revue
voir la publicationDistribution and spatial genetic structure of European wildcat in France
Animal Conservation . 15 : 18-27
Article dans une revue
voir la publicationTrue versus false parasite interactions: a robust method to take risk factors into account and its application to feline viruses.
PLoS ONE . 7 ( 1 ) : e29618
Article dans une revue
voir la publicationWhen cats' ways of life interact with their viruses: A study in 15 natural populations of owned and unowned cats \textitFelis silvestris catus
Preventive veterinary medicine . 101 : 250-264
Article dans une revue
voir la publicationNatal dispersal of European hare in a high-density population
Mammalian Biology: Zeitschrift für Säugetierkunde . 76 : 148-156
Article dans une revue
voir la publicationThe predictive value of the maximum likelihood estimator of the number of contributors to a DNA mixture
Forensic Science International: Genetics . 5 : 281-284
Article dans une revue
voir la publicationEstimating the Number of Contributors to Forensic DNA Mixtures: Does Maximum Likelihood Perform Better Than Maximum Allele Count?
Journal of Forensic Sciences . 56 ( 1 ) : 23-28
Article dans une revue
voir la publicationWhen cats' ways of life interact with their viruses: A study in 15 natural populations of owned and unowned cats Felis silvestris catus
Preventive Veterinary Medicine . 101 : 250-264
Article dans une revue
voir la publicationLinking genetic diversity and temporal fluctuations in population abundance of the introduced feral cat (Felis silvestris catus) on the Kerguelen archipelago
Molecular Ecology . 20 : 5141-5153
Article dans une revue
voir la publicationMachupo Guanarito Sabia and Chapare Viruses
incollection . 68 : 747-757
Article dans une revue
voir la publicationSerological evidence for the presence of non-pathogenic rabbit haemorrhagic disease virus-like strains in rabbits Oryctolagus cuniculus of the Kerguelen archipelago
Polar Biology . 33 ( 7 ) : 985-989
Article dans une revue
voir la publicationModelling the effect of temperature on transmission of dengue
Medical and Veterinary Entomology . 24 ( 1 ) : 66-73
Article dans une revue
voir la publicationPathocenosis: A Holistic Approach to Disease Ecology
EcoHealth . 7 ( 2 ) : 237-241
Article dans une revue
voir la publicationCan cat predation help competitors coexist in seabird communities?
Journal of Theoretical Biology . 262(2010) : 90-96
Article dans une revue
voir la publicationPutting phylogeny into the analysis of biological traits: A methodological approach
Journal of Theoretical Biology . 264 ( 3 ) : 693
Article dans une revue
voir la publication