COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Le Cocon

Tannier Eric

Directeur de recherche

INRIA

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 33 04 26 23 44 74

Courriel

Chercheur en biologie computationnelle, évolution, liens sciences-sociétés, permaculture

 

Recherches :

- Thèses de Alexandre Laverré (avec Anouk Necsulea), Théo Tricou (avec Damien de Vienne), Hugo Menet (avec Vincent Daubin)

- Action exploratoire "Community Garden Book" (équipe projet Inria Beagle)

- Fabrique des Questions Simples, laboratoire incubateur de recherches dans l'anthropocène

 

Enseignements :

- Cours M1 bioinformatique MADG

- Cours Ethique en video (Master et Doctorat), Video 1 et Video 2, Intégrité Scientifique Partie 1, Partie 2, Partie 3

- Cours Ethique en diapos

- Atelier Sciences Environnements Sociétés

 

Responsabilités - Animations :

- Membre du comité scientifique de la Plateforme Resetis

- Membre du comité scientifique de la boutique des sciences

- Co-fondateur et éditeur de Peer Community in Mathematical and Computational Biology

Publications

Affichage des publications 31 à 60 sur 123 au total

Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes

Yoann Anselmetti, Wandrille Duchemin, Eric Tannier, Cedric Chauve, Sèverine Bérard

BMC Genomics . 19 ( S2 ) : 1-15

DOI: 10.1186/s12864-018-4466-7

Article dans une revue

voir la publication

DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies

Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve...

Genome Biology and Evolution . 9 ( 5 ) : 1312-1319

DOI: 10.1093/gbe/evx069

Article dans une revue

voir la publication

Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes

Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier

Algorithms for Molecular Biology . 12 : 16 (11 pages)

DOI: 10.1186/s13015-017-0107-y

Article dans une revue

voir la publication

Resolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses

Edwin Jacox, Mathias Weller, Eric Tannier, Celine Scornavacca

Bioinformatics . 33 ( 7 ) : 980-987

DOI: 10.1093/bioinformatics/btw778

Article dans une revue

voir la publication

Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization

Yoann Anselmetti, Nina Luhmann, Sèverine Bérard, Eric Tannier, Cedric Chauve

Comparative Genomics: Methods and Protocols . : 343 - 362

DOI: 10.1007/978-1-4939-7463-4_13

Chapitre d'ouvrage

voir la publication

MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers

Cédric Chauve, Akbar A Rafiey, Adrian A Davin, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau...

DOI: 10.1101/127548

Autre publication

voir la publication

Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels

Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

voir la publication

Nucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

voir la publication

Dating with transfers

Adrián Davín, Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

voir la publication

Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions

Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier

WABI 2016 . 9838 : 162-173

Acte de congrès

voir la publication

Francisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR-like proteins in non-canonical Type VI secretion systems?

Claire Lays, Eric Tannier, Thomas Henry

Microbial Cell . 3 ( 11 ) : 576-578

DOI: 10.15698/mic2016.11.543

Article dans une revue

voir la publication

In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics

Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon, Carole Knibbe

Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques . : 79-82

Acte de congrès

voir la publication

Comparative Genomics on Artificial Life

Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Eric Tannier

Computability in Europe . 9709 : 35-44

Acte de congrès

voir la publication

Efficient gene tree correction guided by genome evolution

Emmanuel Noutahi, Magali Semeria, Manuel Lafond, Jonathan Seguin, Bastien Boussau, Laurent Guéguen...

PLoS ONE . 11 ( 8 ) : e0159559 (22 pages)

DOI: 10.1371/journal.pone.0159559

Article dans une revue

voir la publication

Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation

Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe, Eric Tannier

Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1427-1439

DOI: 10.1093/gbe/evw083

Article dans une revue

voir la publication

Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence)

Eric Tannier

Encyclopedia of Algorithms . 978-1-4939-2863-7 : 2028-2032

Chapitre d'ouvrage

voir la publication

Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space

Laurent Bulteau, Guillaume Fertin, Eric Tannier

BMC Bioinformatics . 17 ( Suppl 14 ) : 426 (7 pages)

DOI: 10.1186/s12859-016-1264-6

Article dans une revue

voir la publication

Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S9

DOI: 10.1007/978-3-319-19048-8_16

Article dans une revue

voir la publication

The inference of gene trees with species trees

Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Systematic Biology . 64 ( 1 ) : e42-e62

DOI: 10.1093/sysbio/syu048

Article dans une revue

voir la publication

Karyotype and Gene Order Evolution from ReconstructedExtinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity ofModern Rosid Crops

Florent Murat, Rongzhi R. Zhang, Sébastien Guizard, Haris Gavranovic, Raphael Flores, Delphine Steinbach...

Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 735-749

DOI: 10.1093/gbe/evv014

Article dans une revue

voir la publication

Foundations of Coding: Compression, Encryption, Error-Correction

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

978-1-118-88144-6 : 376

Ouvrage

voir la publication

Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding

Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard

BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S11

DOI: 10.1186/1471-2164-16-S10-S11

Article dans une revue

voir la publication

Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies

Magali Semeria, Eric Tannier, Laurent Guéguen

BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S5

DOI: 10.1186/1471-2105-16-S14-S5

Article dans une revue

voir la publication

Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi

G.J. Szollosi, Adrián Arellano Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 370 : 20140335 (11 pages)

DOI: 10.1098/rstb.2014.0335

Article dans une revue

voir la publication

Counting and sampling SCJ small parsimony solutions

István Miklós, Sándor Z. Kiss, Eric Tannier

Theoretical Computer Science . 552 : 83-98

DOI: 10.1016/j.tcs.2014.07.027

Article dans une revue

voir la publication

Théorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

9782100599110 : 384

Ouvrage

voir la publication

Lateral Gene Transfer from the Dead.

Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Nicolas Lartillot, Vincent Daubin

Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397

DOI: 10.1093/sysbio/syt003

Article dans une revue

voir la publication

The genome of the medieval Black Death agent (extended abstract)

Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve

Pré-publication

voir la publication