Siberchicot Aurélie

🧰 Outils de Modélisation & d’Analyse Scientifique

Analyse Multivariée, Spatiale & Phylogénétique

• ade4 (Multivariate data analysis and graphical display) : CRAN -- GitHub -- book -- shiny app
• ade4TkGUI (A Tcl/Tk GUI for some basic functions in the ade4 package) : CRAN -- GitHub
• adegraphics (Graphical functionalities for the representation of multivariate data) : CRAN -- GitHub -- article -- talk
• adephylo (Exploratory Analyses for the Phylogenetic Comparative Method) : CRAN --  GitHub
• adespatial (Multivariate Multiscale Spatial Analysis) : CRAN -- GitHub
• Interatrix (Compute Chi-Square Measures with Corrections) : CRAN -- article
• Mondrian (A Simple Graphical Representation of the Relative Occurrence and Co-Occurrence of Events) : CRAN -- GitHub -- shiny app

Statistiques Non-Linéaires & Distributions

• aods3 (Analysis of Overdispersed Data using S3 Methods) : CRAN -- GitHub
• fitdistrplus (Help to Fit of a Parametric Distribution to Non-Censored or Censored Data) : CRAN -- GitHub -- web
• nlsMicrobio (Nonlinear Regression in Predictive Microbiology) : CRAN -- GitHub
• nlstools (Tools for Nonlinear Regression Analysis) : CRAN -- GitHub

🧬 Bioinformatique & Génomique Fonctionnelle

• DRomics (Dose Response for Omics) : CRAN -- GitHub -- web -- shiny app 1 -- IFB cloud appliance 1 -- shiny app 2 -- IFB cloud appliance 2 -- poster -- article1 -- article2
• kissDE (Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data) : Bioconductor -- GitHub
• LDcorSV (Linkage Disequilibrium Corrected by the Structure and the Relatedness) : CRAN -- article
• LifemapR (Data Visualisation on 'Lifemap' Tree) : CRAN -- GitHub
• MareyMap (Estimation of Meiotic Recombination Rates Using Marey Maps) : CRAN -- GitHub -- web -- shiny app -- article
• phylter (Detect and Remove Outliers in Phylogenomics Datasets) : CRAN -- GitHub
• ssd4mosaic (Web Application for the SSD Module of the MOSAIC Platform) : CRAN -- GitLab

🧪 Applications en Écologie & Biologie

• CINID (Curculionidae INstar IDentification) : CRAN -- article
• OnAge (Test of Between-Group Differences in the Onset of Senescence) : CRAN -- web
• WindiApp (Assessment of the risk of wind dispersal of Culicoides) : shiny app

🧭 Projets de Recherche (contribution logicielle)

• Analyse de données issues du International Tiger Studbook et du International and North American Regional Studbooks for Ruffed Lemurs -- article -- article
• AGEX (ANR-15-CE32-0002-01, 2015-2019)  -- article
• Potenchêne (GIP-ECOFOR, 2014-2018) -- article
• CoCoReCo (JC09-470585, 2009-2012) -- article

🌐 Plateformes & Ressources en ligne

• Organisation GitLab et GitHub du LBBE
• Serveur shiny : http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr
• Site pédagogique de statistiques en biologie : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/

Réseaux Métiers & Conférences

• Rencontres R (comité de pilotage, depuis 2023)
• 3e Journées Nationales du Réseau de la Recherche Reproductible (Conférence, Comité d'Organisation, Lyon, 2025)
• 7e Rencontres R (Conférence, Comité de Programme, Rennes, 2018)
• R pour le calcul (Action Nationale de Formation CNRS, Comité d'Organisation, Aussois, 2015)
• 2e Rencontres R (Conférence, Comité d’Organisation, Lyon, 2013) -- article

Formations & Enseignements

• UE Bases Informatiques, M1 Biodiversité, Écologie et Évolution, Université Lyon 1, depuis 2022
• UE Visualisation de Données Biologiques, M2 Bio-informatique, Université Lyon 1, depuis 2019
• Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique, FRB-Cesab et Gdr Ecostat, depuis 2022
• Les bases du langage R, École Doctorale Université Savoie Mont Blanc, de 2022 à 2024
• Découverte et approfondissements du langage R, Groupe Lyon Calcul, 2018
• Développement de packages en R, ANF CNRS R pour le calcul, 2015

Jury de Concours

• Concours externe CNRS (2025) - BAP E- IR - Expert·e en calcul scientifique
• Concours externe ENS (2021) - BAP A- IE - Ingénieur·e biologiste en traitement des données
• Concours externe INRA (2019) - Experte - BAP E - AI - Assistant·e statisticien·ne
• Concours externe INRA (2019) - BAP E - IE - Administrateur·trice des systèmes d’information
• Concours externe CNRS (2017) - Experte - BAP E - IE - Ingénieur·e en ingénierie logicielle - 2 postes

Encadrement d'Étudiant·e·s

• Cassandra Bompard, stage M2, Développement d'un package R de visualisation (2023)
• Eliane Schermer, stage M2 et thèse, Modélisation en écologie (2015-2019)
• Luka Matsuda, stage L3, Bioinformatique, Statistique et Modélisation (2018)
• Adrien Bessy, stage M2, Bioinformatique (2015)