GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Lerat Emmanuelle
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Mes recherches concernent l’étude du rôle des éléments transposables (ET) dans l'évolution des génomes eucaryotes en utilisant des approches de génomiques comparatives et de bioinformatiques chez différents organismes. Depuis plusieurs années, j’ai développé une expertise dans l’identification des ET dans les génomes séquencés, l'étude de leurs effets sur les gènes avoisinants, mais aussi dans l’analyse évolutive des séquences d’ET.
Projets
• Détection des copies d'ETs dans des génomes pour analyser leur dynamique et leur évolution. Pour cela, nous avons développé plusieurs programmes :
- Méthode statistique à l'échelle du génome pour détecter les séquences transférées horizontalement sans a priori (Modolo et al. 2014) disponible ici.
- Outil pour "parser" le fichier de sortie de RepeatMasker afin d'obtenir des informations détaillées concernant le contenu en ET dans un génome au niveau de la famille (Bailly-Bechet et al. 2014) disponible à One-code-to-find-them-all.
- Outil pour effectuer des analyses transcriptomiques d'ET (Lerat et al. 2017) disponible ici.
- En développement : outil pour simuler une distribution d'insertions d'ET polymorphes.
• Etude du lien entre insertions d'ET, modifications épigénétiques et expression des gènes dans différentes conditions par exemple : cellules normales vs tumorales) chez les mammifères et les drosophiles.
• Influence des ET sur l'évolution des gènes dupliqués.
• Participation au développement d'une référence pour l'annotation des ET dans les génomes en collaboration avec plusieurs chercheurs internationaux (Hoen et al. 2015).
Court CV
• 2005-present :chercheuse CNRS
• 2010 : Habilitation à diriger des recherches (HDR)
• 2004-2005 : Post-doc au LBBE (financement FRM)
• 2002-2004 : Post-doc à l'Université d'Arizona (Tucson, USA)
• 2001-2002 : ATER à l'Université Lyon 1
• 1998-2001 : Doctorat à l'Université Lyon 1
Membre de sociétés et expertise
- Membre de la "Society for Molecular Biology and Evolution" (SMBE)
- Membre de la Société Française de Bioinformatique (SFBI)
- Editrice associée pour "Genome Biology and Evolution" (GBE) (2008-2023)
- "Recommander" pour PCI Genomics depuis 2020
- ResearchGate.
- Carène Rizzon (lab. Statistics and Genome, Université d’Evry, France)
- Jocelyn Turpin et Caroline Leroux (UMR754 - INRAe - Univ. Lyon, France)
- Sandra Duharcourt (Institut Jacques Monod, Paris, France), Linda Sperling (I2BC, Gif sur Yvette, France), Eric Meyer (IBENS, Paris, France)
- Anne Mey (CarMeN lab, France) et Jacques Samarut (IGFL, ENS Lyon, France)
- Eric Peyretaillade, Nicolas Parisot, et Pierre Peyret (EA CIDAM, Université d’Auvergne, France)
- Marc Bailly-Béchet (Institut Sophia Agrobiotech, Univ. Nice Sophia Antipolis)
- Marie-Pierre Chapuis (Centre de Biologie et de Gestion des Populations, Montpellier)
- Franck Picard (Lab. Biologie et Modélisation de la Cellule, ENS, Lyon)
- Claudia Carareto (UNESP, Brazil)
- Antoine Perasso (Lab. « Chrono-environnement », Université de Franche-Comté, France)
- Christophe Guyeux (FEMTO-ST institute, Université de France-Comté, France)
- Josefa Gonzalez (Institut de Biologie Evolutive (CSIC-Universitat Pompeu Fabra) Barcelone, Espagne)
- Mohamed Makni (Lab. de Génomique des insectes ravageurs de cultures d’intérêt agronomique, Univ Tunis El Manar, Tunisie)
- Gabriel da Luz Wallau (Department of Entomology, Aggeu Magalhães Institute (IAM), Recife, Brésil)
-
L3 : A. Mula (2006), E. Ohanyan (2016 ; co-supervision M Bailly-Béchet)
-
M1 : F. Giordano (2006), R. Kahoul (2007), C. Déchaud (2016), C. Bompard (2022; co-encadrement C. Rizzon), A. Benmehdia (2022; co-supervision C. Rizzon)
-
M2 : B. Cheaib (2007), H. Mortada (2008), L. Modolo (2011), L. Grégoire (2013 ; co-supervision A. Haudry), E. Saulnier (2013 ; co-supervision C. Rizzon), N. Bargues (2015), R. Lannes (2016), C. Déchaud (2017), A. Le (2019), M. Le Guet (2019 ; co-supervision G. da Luz Wallau), G. Pozo (2020; co-supervision C. Rizzon), T. Tesseraud (2021 ; co-supervision C. Rizzon), A. Benmehdia (2023; co-supervision C. Rizzon).
-
Doctorat : M. Deloger (2006-2009 ; co-direction C. Vieira et MF Sagot), A. Granzotto (2007-2011 ; co-direction C. Vieira et C. Carrareto), H. Mortada (2008-2011 ; co-direction C. Vieira), L. Modolo (2011-2014), S. Sedghiani (2016), M. Verneret (2022-2025 co-direction J. Turpin).
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 66 au total
Exploiting the architecture and the features of the microsporidian genomes to investigate diversity and impact of these parasites on ecosystems
Heredity . : 25182222
DOI: 10.1038/hdy.2014.78
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voir la publication“One code to find them all”: a perl tool to conveniently parse RepeatMasker output files
Mobile DNA . 5 : 13
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voir la publicationIdentification and Analysis of Transposable Elements in Genomic Sequences
Genome analysis, current procedures and applications . 978-1-908230-29-4
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationSpecific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 6 : 1806 - 1817
DOI: 10.1093/gbe/evu141
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voir la publicationThe endogenous retrovirus ENS-1 provides active binding sites for transcription factors in embryonic stem cells that specify extra embryonic tissue
Retrovirology . 9 ( 1 ) : 21
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voir la publicationA comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.
Journal of Environmental Radioactivity . 113 : 83-86
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voir la publicationComparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes.
Gene . 473 ( 2 ) : 100-9
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voir la publicationGenes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.
Journal of Molecular Evolution . 71 ( 3 ) : 180-91
Article dans une revue
voir la publicationIdentification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster
Gene . 439 : 55-62
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voir la publicationIdentifying repeats and transposable elements in sequenced genomes: how to find your way through the dense forest of programs
Heredity . -- : 1-14
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voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila
FASEB Journal . 23 : 54-62
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voir la publicationInfra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements
genome dyn stab . -- : 115-123
Article dans une revue
voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.
FASEB Journal . 23 ( 5 ) : 1482-9
DOI: 10.1096/fj.08-123513
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voir la publicationThe evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes.
BMC Evolutionary Biology . 9 : 174
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voir la publicationLosing helena: The extinction of a drosophila line-like element
BMC Genomics . 9 : 1-11
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voir la publicationInfluence of the transposable element neighborhood on human gene expression in normal and tumor tissues
Gene . 396 : 303-311
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voir la publicationMaintenance in the chicken genome of the retroviral-like cENS gene family specifically expressed in early embryos
Journal of Molecular Evolution . 65 ( 3 ) : 215-227
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary origins of genomic repertoires in bacteria
PLoS Biology . 3 : 0807-0814
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voir la publicationRecognizing the pseudogenes in bacterial genomes
Nucleic Acids Research . 33 : 3125-3132
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voir la publicationA bunch of fun-guys: the whole-genome view of yeast evolution
Trends in Genetics . 21 : 1-3
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voir la publicationExamining bacterial species under the specter of gene transfer and exchange
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 : 6595-6599
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voir la publicationΨ-Φ: Exploring the outer limits of bacterial pseudogenes
Genome Research . 14 : 2273--2278
Article dans une revue
voir la publicationHypervariable and highly divergent intron/exon organizations in the chordate Oikopleura dioica
Journal of Molecular Biology . 59 : 448-457
Article dans une revue
voir la publicationReversing gene erosion: Reconstructing ancestral bacterial genomes from gene-content and order data
incollection . 3240 : 1-13
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voir la publicationThe evolutionary history of quorum-sensing in bacteria
Molecular Biology and Evolution . 21 : 903-913
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voir la publication$Psi$-$Phi$: Exploring the outer limits of bacterial pseudogenes
Genome Research . 14 : 2273-2278
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voir la publicationThe source of laterally transferred genes in bacterial genomes
Genome Biology . 4 : R57.1-R57.12
Article dans une revue
voir la publicationSequence divergence within transposable element families in the Drosophila melanogaster genome
Genome Research . 13 : 1889-1896
Article dans une revue
voir la publicationFrom gene trees to organismal phylogeny in prokaryotes: the case of the gamma-Proteobacteria
PLoS Biology . 1 ( 1 ) : 101-109
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voir la publicationThe relative abundance of dinucleotides in transposable elements in five species
Molecular Biology and Evolution . 19 : 964-967
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