GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive

Lerat Emmanuelle

Chargée de recherche

CNRS

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 04 72 43 13 44

Courriel

Mes recherches concernent l’étude du rôle des éléments transposables (ET) dans l'évolution des génomes eucaryotes en utilisant des approches de génomiques comparatives et de bioinformatiques chez différents organismes. Depuis plusieurs années, j’ai développé une expertise dans l’identification des ET dans les génomes séquencés, l'étude de leurs effets sur les gènes avoisinants, mais aussi dans l’analyse évolutive des séquences d’ET.

 

Projets

• Détection des copies d'ETs dans des génomes pour analyser leur dynamique et leur évolution. Pour cela, nous avons développé plusieurs programmes :

  • Méthode statistique à l'échelle du génome pour détecter les séquences transférées horizontalement sans a priori  (Modolo et al. 2014) disponible ici.
  • Outil pour "parser" le fichier de sortie de RepeatMasker afin d'obtenir des informations détaillées concernant le contenu en ET dans un génome au niveau de la famille  (Bailly-Bechet et al. 2014) disponible à One-code-to-find-them-all.
  •  Outil pour effectuer des analyses transcriptomiques d'ET  (Lerat et al. 2017) disponible ici.
  •  En développement : outil pour simuler une distribution d'insertions d'ET polymorphes.

• Etude du lien entre insertions d'ET, modifications épigénétiques et expression des gènes dans différentes conditions  par exemple : cellules normales vs tumorales) chez les mammifères et les drosophiles.
•  Influence des ET sur l'évolution des gènes dupliqués.
• Participation au développement d'une référence pour l'annotation des ET dans les génomes en collaboration avec plusieurs chercheurs internationaux  (Hoen et al. 2015).


Court CV
    • 2005-present :chercheuse CNRS
    • 2010 : Habilitation à diriger des recherches (HDR)
    • 2004-2005 : Post-doc au LBBE (financement FRM)
    • 2002-2004 : Post-doc à l'Université d'Arizona (Tucson, USA)
    • 2001-2002 : ATER  à l'Université Lyon 1
    • 1998-2001 : Doctorat à l'Université Lyon 1


Membre de sociétés et expertise

  • Membre de la "Society for Molecular Biology and Evolution" (SMBE)
  • Membre de la Société Française de Bioinformatique (SFBI)
  • Editrice associée pour  "Genome Biology and Evolution" (GBE)   (2008-2023)
  • "Recommander" pour PCI Genomics depuis 2020
  • ResearchGate.

Publications

Affichage des publications 1 à 30 sur 68 au total

Exploring endogenous retroviruses in ruminant genomes: They might not be all dead after all

Marie Verneret, Caroline Leroux, Thomas Faraut, Vincent Navratil, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

Bioinformatics and Evolutionary Genomics (ALPHY = ALignments and PHYlogeny) .

Poster

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A genome-wide study of ruminants uncovers two endogenous retrovirus families recently active in goats

Marie Verneret, Caroline Leroux, Thomas Faraut, Vincent Navratil, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

Mobile DNA . 16 ( 1 ) : 4

DOI: 10.1186/s13100-024-00337-6

Article dans une revue

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Look4LTRs: a Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats

Anthony B. Garza, Emmanuelle Lerat, Hani Z. Girgis

Mobile DNA . 15 ( 1 ) : 8

DOI: 10.1186/s13100-024-00317-w

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Particular sequence characteristics induce bias in the detection of polymorphic transposable element insertions

Marie Verneret, van Anthony Le, Thomas Faraut, Jocelyn Turpin, Emmanuelle Lerat

DOI: 10.1101/2024.09.25.614865

Pré-publication

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Small ruminants versus endogenous retroviruses: an evolutive showdown still in progress in the domestic goat genome

Marie Verneret, Caroline Leroux, Vincent Navratil, Thomas Faraut, Jocelyn Turpin, Emmanuelle Lerat

International congress on transposable elements .

Poster

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A genome-wide study of ruminants reveals two endogenous retrovirus families still active in goats

Marie Verneret, Caroline Leroux, Thomas Faraut, Vincent Navratil, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

DOI: 10.1101/2024.06.21.600049

Pré-publication

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Look4LTRs: a Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats

Anthony B. Garza, Emmanuelle Lerat, Hani Z. Girgis

Mobile DNA . 15 ( 1 ) : 8

DOI: 10.1186/s13100-024-00317-w

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MicroAnnot: A Dedicated Workflow for Accurate Microsporidian Genome Annotation

Jérémy Tournayre, Valérie Polonais, Ivan Wawrzyniak, Reginald Florian Akossi, Nicolas Parisot, Emmanuelle Lerat...

International Journal of Molecular Sciences . 25 ( 2 ) : 880

DOI: 10.3390/ijms25020880

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A first step towards the characterization of endogenous retroviruses’ evolutionary history and impact on small ruminant genomes

Marie Verneret, Caroline Leroux, Vincent Navratil, Thomas Faraut, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023 .

Acte de congrès

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OVINE β-ENDOGENOUS RETROVIRUSES : FROM INTEGRATION TO COPY-SPECIFIC TRANSCRIPTION

Marie Verneret, Caroline Leroux, Emmanuelle Lerat, Vincent Navratil, Jocelyn Turpin

XXVèmes Journées Francophones de Virologie .

Poster

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Look4LTRs: A Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats

Anthony Garza, Emmanuelle Lerat, Hani Girgis

DOI: 10.1101/2023.07.28.551030

Pré-publication

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How genomics can help biodiversity conservation

Kathrin Theissinger, Carlos Fernandes, Giulio Formenti, Iliana Bista, Paul Berg, Christoph Bleidorn...

Trends in Genetics .

DOI: 10.1016/j.tig.2023.01.005

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Recent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements

Emmanuelle Lerat

Frontiers in Genetics . 13

DOI: 10.3389/fgene.2022.891194

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The Transposable Element Environment of Human Genes Differs According to Their Duplication Status and Essentiality

Margot Correa, Emmanuelle Lerat, Etienne E. Birmelé, Franck Samson, Bérengère Bouillon, Kévin Normand...

Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )

DOI: 10.1093/gbe/evab062

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Massive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes

Diamantis Sellis, Frédéric Guérin, Olivier Arnaiz, Walker Pett, Emmanuelle Lerat, Nicole Boggetto...

PLoS Biology . 19 ( 7 ) : e3001309

DOI: 10.1371/journal.pbio.3001309

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Transposable element activity in the transcriptomic analysis of mouse pancreatic tumors

Emmanuelle Lerat, Nelly Burlet, Vincent Navratil, Camilles Noûs

DOI: 10.1101/2021.07.16.452652

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An Overview of Duplicated Gene Detection Methods: Why the Duplication Mechanism Has to Be Accounted for in Their Choice

Tanguy Lallemand, Martin Leduc, Claudine Landès, Carène Rizzon, Emmanuelle Lerat

Genes . 11 ( 9 ) : 1046

DOI: 10.3390/genes11091046

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Does the Presence of Transposable Elements Impact the Epigenetic Environment of Human Duplicated Genes?

Romain Lannes, Carène Rizzon, Emmanuelle Lerat

Genes . 10 ( 3 ) : 249

DOI: 10.3390/genes10030249

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On the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses

Emmanuelle Lerat, Josep Casacuberta, Cristian Chaparro, Cristina Vieira

Genes . 10 ( 4 ) : 258

DOI: 10.3390/genes10040258

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Population specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations

Emmanuelle Lerat, Clément Goubert, Sara Guirao-Rico, Miriam Merenciano, Anne-Béatrice Dufour, Cristina Vieira...

Molecular Ecology . : 1-17

DOI: 10.1111/mec.14963

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Simulation-based estimation of branching models for LTR retrotransposons

Serge Moulin, Nicolas Seux, Stéphane Chrétien, Christophe Guyeux, Emmanuelle Lerat

Bioinformatics . 33 ( 3 ) : 320 - 326

DOI: 10.1093/bioinformatics/btw622

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TEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes

Emmanuelle Lerat, Marie Fablet, Laurent Modolo, Hélène Lopez-Maestre, Cristina Vieira

Nucleic Acids Research . 45 : 13

DOI: 10.1093/nar/gkw953

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The transposable element environment of human genes is associated with histone and expression changes in cancer

Laura Grégoire, Annabelle A. Haudry, Emmanuelle Lerat

BMC Genomics . 17 ( 1 )

DOI: 10.1186/s12864-016-2970-1

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The Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes

Abdel Belkorchia, Cyrielle Gasc, Valérie Polonais, Nicolas Parisot, Nicolas Gallois, Céline Ribière...

PLoS ONE . 10 ( 9 ) : 1-12

DOI: 10.1371/journal.pone.0139075

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A call for benchmarking transposable element annotation methods.

Douglas R Hoen, Glenn Hickey, Guillaume Bourque, Josep Casacuberta, Richard Cordaux, Cédric Feschotte...

Mobile DNA . 6 : 13

DOI: 10.1186/s13100-015-0044-6

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Subcellular Localization of ENS-1/ERNI in Chick Embryonic Stem Cells

Sophie Blanc, Florence Ruggiero, Anne-Marie Birot, Hervé Acloque, Didier Decimo, Emmanuelle Lerat...

PLoS ONE . 9 ( 3 ) : e92039

DOI: 10.1371/journal.pone.0092039

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