GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Duret Laurent
Directeur de recherche
CNRS
Batiment Mendel 2eme étage. Bureau 12.025
Les génomes sont le produit de divers processus évolutifs : certains traits génomiques que nous observons aujourd'hui reflètent des contraintes fonctionnelles qui opèrent actuellement ou qui ont opéré dans le passé ; d'autres résultent de processus non-adaptatifs. Pour identifier les caractéristiques du génome qui sont importantes pour son fonctionnement, il faut rechercher celles dont le mode d'évolution s'écarte du modèle neutraliste : c'est le principe même de l'analyse comparative des génomes, qui est au cœur de mon activité de recherche. Mon travail suit une double logique : étudier l'évolution des génomes pour mieux comprendre leur fonctionnement - et inversement, prendre en compte les mécanismes moléculaires du fonctionnement des génomes afin de mieux interpréter l'évolution des séquences. Mon travail se base sur l'analyse bioinformatique et statistique des séquences, mais s'appuie également fortement sur des collaborations étroites avec des biologistes « de paillasse ».
Ces dernières années, mon objectif principal a été d'explorer les conséquences de la recombinaison homologue sur l'évolution du génome. En particulier, nous avons découvert que chez de nombreuses espèces, la recombinaison induit une hérédité non mendélienne, favorisant la fixation des allèles GC (gBGC – pour GC-Biased Gene Conversion). Ce processus non adaptatif a un impact majeur sur l'évolution des paysages génomiques ainsi que sur les processus d'expression des gènes. Nous essayons maintenant de comprendre comment et pourquoi le gBGC évolue, et comment et pourquoi les taux de recombinaison varient dans l'espace (le long des chromosomes) et dans le temps (entre les espèces).
Je cherche également à comprendre comment les contraintes imposées par le coût de l'expression des gènes façonnent l'évolution du génome. Nous avons montré que le niveau d'expression des gènes est un déterminant important des pressions sélectives agissant sur de nombreuses caractéristiques : sur les séquences protéiques, sur le dosage des gènes, sur la précision de l'épissage et sur l'efficacité de la traduction. Nous explorons maintenant comment la variation de l'efficacité de la sélection contribue à l'évolution de la complexité des processus d'expression des gènes à travers les espèces.
Je travaille également, en collaboration avec des chercheurs de Paris et de Gif, sur la génomique de la paramécie. Cet eucaryote unicellulaire présente de nombreuses caractéristiques très particulières qui en font un modèle fantastique pour aborder de nombreux sujets (duplications de génomes entiers, prolifération d'éléments génétiques égoïstes, épissage alternatif, hérédité transgénérationnelle de modifications épigénétiques, …).
Publications
Affichage des publications 91 à 120 sur 173 au total
No Evidence for Tissue-Specific Adaptation of Synonymous Codon Usage in Humans
Molecular Biology and Evolution . 23 : 523-529
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voir la publicationThe Xist RNA Gene Evolved in Eutherians by Pseudogenization of a Protein-Coding Gene
Science . 312 : 1653-1655
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voir la publicationEvolutionary origin and maintenance of coexpressed gene clusters in mammals.
Molecular Biology and Evolution . 23 : 1715-1723
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voir la publicationA new perspective on isochore evolution
Gene . 385 : 71-74
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voir la publicationHOPPSIGEN: a database of human and mouse processed pseudogenes.
Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D59-66
DOI: 10.1093/nar/gki084
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voir la publicationTree pattern matching in phylogenetic trees: automatic search for orthologs or paralogs in homologous gene sequence databases.
Bioinformatics . 21 ( 11 ) : 2596-603
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voir la publicationIntegr8 and Genome Reviews: integrated views of complete genomes and proteomes.
Nucleic Acids Research . 33 ( Database issue ) : D297-302
DOI: 10.1093/nar/gki039
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voir la publicationHomology-dependent methylation in primate repetitive DNA.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 102 ( 15 ) : 5471-6
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voir la publicationNatural history of the ERVWE1 endogenous retroviral locus
Retrovirology . 2 : 1-7
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voir la publicationRelationship between gene expression and GC-content in mammals: statistical significance and biological relevance
Human Molecular Genetics . 14 : 421-427
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voir la publicationNatural history of the ERVWE 1 endogenous retroviral locus.
Retrovirology . 2:57 : 1 - 7
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voir la publicationLes trésors cachés du génome humain
Pour la science . -- : 16-21
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voir la publicationPolymorphix: a sequence polymorphism database
Nucleic Acids Research . 33 : 481-484
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voir la publicationBioinformatics with a French accent
Genome Biology . 6 : 349.1-349.3
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voir la publicationIdentitag, a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries.
BMC Bioinformatics . 5 : 143
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voir la publicationThe endogenous retroviral locus ERVWE1 is a bona fide gene involved in hominoid placental physiology
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 101 : 1731-1736
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voir la publicationEvidence that functional transcription units cover at least half of the human genome
Trends in Genetics . 20 : 229-232
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voir la publicationThe Decline of Isochores in Mammals: An Assessment of the GC Content Variation Along the Mammalian Phylogeny
Journal of Molecular Evolution . 58 : 653-660
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voir la publicationIdentitag a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries
BMC Bioinformatics . 5 : 1-12
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voir la publicationROSO : Research on Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays
Bioinformatics . 20 : 271-273
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voir la publicationGrid as a bioinformatic tool
Parallel Computing . 30 : 1093-1107
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voir la publicationPhysical and transcript map of the autosomal dominant colobomatous microphthalmia locus on chromosome 15q12-q15 and refinement to a 4.4 Mb region.
European Journal of Human Genetics . 12 ( 7 ) : 574-8
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voir la publicationGrid as a bioinformatic tool
Parallel Computing . 30 : 1093-1107
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voir la publicationGrid as a bioinformatic tool
Parallel Computing . 30 : 1093-1107
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voir la publicationRecombination drives the evolution of GC-content in the human genome
Molecular Biology and Evolution . 21 : 984-990
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voir la publicationEvidence of Selection on the Domesticated ERVWE1 env Retroviral Element Involved in Placentation
Molecular Biology and Evolution . 21 : 1895-1901
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voir la publicationIdentitag, a relational database for SAGE tag identification and interspecies comparison of SAGE libraries.
BMC Bioinformatics . ( 5 ) : 143
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voir la publicationPhysical and transcript map of the autosomal dominant colobomatous microphthalmia locus on chromosome 15q12-q15 and refinement to a 4.4 Mb region.
European Journal of Human Genetics . ( 12 ) : 574-578
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voir la publicationNeutral effect of recombination on base composition in Drosophila
Genetical Research . 81 : 79-89
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voir la publicationPlacenta-Specific INSL4 Expression Is Mediated by a Human Endogenous Retrovirus Element
Biology of Reproduction . 68 : 1422-1429.
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