COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Equipe Génétique et Evolution des Interactions
Boulesteix Matthieu
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 29 16
Centres d'intérêts
Les éléments transposables (ET) sont des séquences d'ADN répétées, présentes dans tous les génomes, ayant la capacité de faire des copies d'elles-mêmes qui s'insèrent à leur tour dans les génomes. Dépourvus de fonction évidente pour les organismes et occasionnant des mutations la plupart du temps délétères, les ET sont souvent considérés comme des parasites des génomes.
Dans le cadre de mes recherches j'essaie de comprendre les facteurs qui déterminent la prolifération de ces parasites ainsi que la manière dont les gènes et les ET cohabitent au sein d'un même génome.
Projets en cours
Espèces invasives : dynamique des ET et contribution à l'adaptation
Les espèces invasives fournissent un modèle idéal pour étudier l'évolution en temps réel. En ce qui concerne les ET elles permettent de comprendre comment des facteurs démographiques (expansions géographiques accompagnées d'effets fondateurs) peuvent influencer la dynamique des ET. Par ailleurs bien que les ET soient généralement délétères plusieurs exemples spectaculaires d'adaptations liées à des ET ont été décrits. Les espèces invasives permettent ainsi également d'étudier la contribution des ET à l'adaptation des populations à de nouveaux environnements. Nous avons ainsi pu montrer chez la drosophile Drosophila suzukii, une espèce invasive en Europe et aux Etats-Unis, que le processus d'invasion était associé à une augmentation de la charge des génomes en ET, ce qui semble s'expliquer par les goulots d'étranglement qui accompagnent l'invasion (Mérel et al. 2021). Nos travaux portent également sur le moustique tigre Aedes albopictus, espèce invasive d'origine asiatique, dont nous avons décrit le répétome (Goubert et al. 2015) et chez qui certaines insertions d'ET sont présentes à de fortes fréquences en Europe et pourraient être impliquées dans l'adaptation de ce moustique à des environnements tempérés (Goubert et al. 2017). Nous entreprenons actuellement une comparaison de nombreux génomes complets de ce moustique issus de populations natives et invasives afin de mieux comprendre la contribution des ET dans le processus adaptatif (ANR MosquiTEs, porteur M. Boulesteix).
Interactions entre infections virales et taux de transposition
La sélection naturelle a favorisé l'émergence de systèmes de défense des génomes leur permettant de se prémunir des effets délétères des ET. Chez de nombreux organismes de petits ARN (piARN et siARN) sont au coeur de ce système de défense. La défense contre les virus fait également appel à des petits ARN (siARN chez la drosophile, piARN et siARN chez les moustiques). La question se pose ainsi de savoir dans quelle mesure les infections virales peuvent interférer avec le contrôle des ET et inversement. C'est cette question que nous abordons dans le cadre de la thèse de Chloé Garambois (codirection Marie Fablet).
Publications
Affichage des publications 1 à 29 sur 29 au total
The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
Pré-publication
voir la publicationEffects of Arboviral Infections on Transposable Element Transcript Levels in Aedes aegypti
Genome Biology and Evolution . 16 ( 5 ) : evae092
DOI: 10.1093/gbe/evae092
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voir la publicationHuman-aided dispersal and population bottlenecks facilitate parasitism escape in the most invasive mosquito species
PNAS Nexus . 3 ( 5 ) : 175
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voir la publicationThe assembly of the rice weevil Sitophilus oryzae is dominated by transposable elements and shades light on the evolution of endosymbiosis in a major crop pest.
Arthropod Genomics Symposium 2022 .
Acte de congrès
voir la publicationTransposable element dynamics in the host-bacteria association of the cereal weevil Sitophilus oryzae
Mobile DNA 2021 .
Poster
voir la publicationThe Worldwide Invasion of Drosophila suzukii Is Accompanied by a Large Increase of Transposable Element Load and a Small Number of Putatively Adaptive Insertions
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4252-4267
Article dans une revue
voir la publicationThe transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae
BMC Biology . 19 ( 1 ) : 241
Article dans une revue
voir la publicationA transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
Cells . 9 ( 8 ) : 1776
DOI: 10.3390/cells9081776
Article dans une revue
voir la publicationA behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for Drosophila parasitoids
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 10 ) : 2791-2807
Article dans une revue
voir la publicationTransposable elements in Drosophila
Mobile DNA . 11 ( 1 )
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voir la publicationTransposable element dynamics in Sitophilus oryzae
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome .
Poster
voir la publicationTransposable Element Dynamics in an Invasive Species
Congrès National des Éléments Transposables (CNET 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationEvaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis
VI Meeting of the Spanish Society for Evolutionary Biology (SESBE) .
Poster
voir la publicationA behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for parasitoid wasps
Pré-publication
voir la publicationHigh-Throughput Sequencing of Transposable Element Insertions Suggests Adaptive Evolution of the Invasive Asian Tiger Mosquito Towards Temperate Environments
Molecular Ecology . 26 ( 15 ) : 1-14
DOI: 10.1111/mec.14184
Article dans une revue
voir la publicationPopulation genetics of the Asian tiger mosquito Aedes albopictus, an invasive vector of human diseases
Heredity . 117 ( 3 ) : 125-34
DOI: 10.1038/hdy.2016.35
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voir la publicationThe draft genome sequence of the rice weevil Sitophilus oryzae as a model to explore the host-symbiont interactions in a nascent stage of endosymbiosis
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) .
Poster
voir la publicationDe novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti).
Genome Biology and Evolution . 7 ( 4 ) : 1192-205
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voir la publicationDe novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti)
Genome Biology and Evolution . 7 ( 4 ) : 1192-1205
DOI: 10.1093/gbe/evv050
Article dans une revue
voir la publicationA comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.
Journal of Environmental Radioactivity . 113 : 83-86
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voir la publicationIsolation and gene flow: inferring the speciation history of European house mice
Molecular Ecology . 20 ( 24 ) : 5248-5264
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voir la publicationIsolation and gene flow: inferring the speciation history of European house mice
Molecular ecology . 20 : 5248-5264
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voir la publicationHow sympatric is speciation in the Howea palms of Lord Howe Island ?
Molecular Ecology . 18 : 3629-3638
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voir la publicationHigh Genetic Differentiation between the M and S Molecular Forms of Anopheles gambiae in Africa
PLoS ONE . 3 : 1-7
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voir la publicationInsertion polymorphism of transposable elements and population structure of Anopheles gambiae M and S molecular forms in Cameroon
Molecular Ecology . 16 : 441-452
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voir la publicationDifferences in genome size between closely related species: the Drosophila melanogaster species subgroup.
Molecular Biology and Evolution . 23 ( 1 ) : 162-7
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voir la publicationDifferences in Genome Size Between Closely Related Species : The Drosophila melanogaster Species Subgroup
Molecular Biology and Evolution . 23 : 162-167
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voir la publicationDifferences in genom size between closely related species : the drosophila melanogaster species subgroup.
Molecular Biology and Evolution . ( 23 ) : 162-167
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voir la publicationTransposable elements in mosquitoes
Cytogenetics and Genome Research . 110 : 500--509
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