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Publications

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A small trip in the untranquil world of genomes a survey on the detection and analysis of genome rearrangement breakpoints

Claire Lemaitre, M.-F. Sagot

Theoretical Computer Science . 395 : 171-192

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Exploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution

Marília D.V. Braga, Marie-France Sagot, Celine Scornavacca, Eric Tannier

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 3 ) : 348-356

DOI: 10.1109/TCBB.2008.16

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Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms

J. Allali, Y. d'Aubenton-Carafa, C. Chauve, A. Denise, C. Drevet, P. Ferraro...

Proc. JOBIM . : 67-68

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Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses

Augusto Vellozo, Stefano Colella, Ludovic Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé...

Integrative Post-Genomics - IPG'08 .

Acte de congrès

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Les réseaux métaboliques et génétiques

H. Charles, G. Beslon, Federica Calevro, Jean-François Boulicaut, J.M. Fayard, G. Febvay...

Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1

Acte de congrès

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Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles, Federica Calevro, Stefano Colella, Jean-Michel Fayard, Gérard Febvay, Yvan Rahbé...

Séminaire INRA AgroBI .

Acte de congrès

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Annotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella, Augusto Vellozo, L. Cottret, Gérard Febvay, Federica Calevro, Yvan Rahbé...

4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1" .

Poster

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Modes and Cuts in Metabolic Networks:Complexity and Algorithms

Vicente Acuna, F. Chierichetti, Vincent Lacroix, A. Marchetti-Spaccamela, M.-F. Sagot, L. Stougie

BioSystems . 95 - n°1 : 51-60

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Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes

Claire Lemaitre, Eric Tannier, Christian Gautier, Marie-France Sagot

: 26

Rapport

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Transcriptomique

Jean-François Boulicaut, Federica Calevro, H. Charles, J.M. Fayard, G. Febvay, Olivier Gandrillon...

Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1

Acte de congrès

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Efficient representation and P-value computation for high-order Markov motifs

P. Soares da Fonseca, Christian Gautier, K.S Guimarães, M.-F. Sagot

Bioinformatics . 24 : i160-i166

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Polymorphism of the Staphylococcus aureus Panton-Valentine LeukocidinGenes and Its Possible Link with the Fitness of Community-Associated Methicillin-Resistant S. aureus

O. Dumitrescu, A. Tristan, H. Meugnier, M. Bes, Manolo Gouy, J. Etienne...

Journal of Infectious Diseases . 198 ( 5 ) : 792-794

DOI: 10.1086/590914

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Fecundity and survival in relation to resistance to oxidative stress in a free-living bird

P. Bize, G. Devevey, P. Monaghan, Blandine Doligez, P. Christe

Ecology . 89(8) : 2584-2593

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Habitat Selection and Habitat Suitability Preferences

Blandine Doligez, T. Boulinier

incollection . 3 : 1810-1830

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Spatial scale of local breeding habitat quality and adjustment of breeding decisions

Blandine Doligez, A. Berthouly, D. Doligez, Mark Tanner, V. Saladin, D. Bonfils...

Ecology . 89 : 1436-1444

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On the number of principal components: A test of dimensionality based on measurements of similarity between matrices

S. Dray

Computational Statistics and Data Analysis . 52 : 2228-2237

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Age-specific feeding cessation in male red deer during rut

A. Mysterud, C. Bonenfant, L.E. Loe, R. Langvatn, Ng. Yoccoz, / Stenseth

Journal of Zoology . 275(4) : 469-477

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Population density and sex do not influence fine-scale natal dispersal in roe deer

J.-M. Gaillard, A.J.M. Hewison, P. Kjellander, N. Pettorelli, C. Bonenfant, B. van Moorter...

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 275 : 2025-2030

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The timing of male reproductive effort relative to female ovulation in a capital breeder

A. Mysterud, C. Bonenfant, L.E. Loe, R. Langvatn, N.G. Yoccoz, / Stenseth

Journal of Animal Ecology . 77(3) : 469-477

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Antibodies against Salmonella is associated with reduced reproductive success in female alpine chamois (rupicapra rupicapra)

M. Pioz, A. Loison, Patricia Gibert, J.-M. Jullien, Marc Artois, Emmanuelle Gilot-Fromont

Canadian Journal of Zoology . 86 : 1111-1120

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Diseases and reproductive success in a wild mammal: example in the alpine chamois.

Maryline Pioz, Anne Loison, Dominique Gauthier, Philippe Gibert, Jean-Michel Jullien, Marc Artois...

Oecologia . 155 ( 4 ) : 691-704

DOI: 10.1007/s00442-007-0942-5

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Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology

Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev

Computers & Mathematics with Applications . 55 ( Issue 5 (March 2008) ) : 1054-1067

DOI: 10.1016/j.camwa.2006.12.103

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Inferring the role of transcription factors in regulatory networks

Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel

BMC Bioinformatics . 9 : nc

DOI: 10.1186/1471-2105-9-228

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Identification de motifs dans les réseaux métaboliques

Vincent Lacroix

incollection . -- : D1-D5

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Vaccination of free-living juvenile wild rabbits textit(Oryctolagus cuniculus) against myxomatosis improved their survival

J.-S. Guitton, S. Devillard, M. Guénézan, D. Fouchet, D. Pontier, S. Marchandeau

Preventive Veterinary Medicine . 84 : 1-10

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54 C5)methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer

J. Urbonavicius, S. Auxilien, H. Walbott, K. Trachana, B. Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 : 323-335

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Giant viruses giant chimeras: The multiple evolutionary histories of Mimivirus genes

D. Moreira, Céline Brochier-Armanet

BMC Evolutionary Biology . 8 : 1-7

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Acquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54, C5)-methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer.

Jaunius Urbonavicius, Sylvie Auxilien, Hélène Walbott, Kalliopi Trachana, Béatrice Golinelli-Pimpaneau, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Microbiology . 67 ( 2 ) : 323-35

DOI: 10.1111/j.1365-2958.2007.06047.x

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Prédiction de synténies dans le génome ancestral des amniotes

F. Boyer, C. Chauve, Eric Tannier

Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2008 . : 141-148

Acte de congrès

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Perfect DCJ rearrangement

Annie Chateau, Cedric Chauve, Sèverine Bérard, Eric Tannier, Christophe Paul

RECOMB-CG: Comparative Genomics . LNCS ( 5267 ) : 158-169

DOI: 10.1007/978-3-540-87989-3_12

Acte de congrès

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