COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Le Cocon

Daubin Vincent

Directeur de recherche

CNRS

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

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Publications

Affichage des publications 31 à 60 sur 87 au total

The inference of gene trees with species trees

Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Systematic Biology . 64 ( 1 ) : e42-e62

DOI: 10.1093/sysbio/syu048

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Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S9

DOI: 10.1007/978-3-319-19048-8_16

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GC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands

Florent Lassalle, Séverine Périan, Thomas Bataillon, Xavier Nesme, L. Duret, Vincent Daubin

PLoS Genetics . 11 ( 2 ) : 1-20

DOI: 10.1371/journal.pgen.1004941

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Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi

G.J. Szollosi, Adrián Arellano Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 370 : 20140335 (11 pages)

DOI: 10.1098/rstb.2014.0335

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Phylogeny of the class Actinobacteria revisited in the light of complete genomes. The orders 'Frankiales' and Micrococcales should be split into coherent entities: proposal of Frankiales ord. nov., Geodermatophilales ord. nov., Acidothermales ord. nov. an

A. Sen, Vincent Daubin, D. Abrouk, I. Gifford, A. M. Berry, P. Normand

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 64 ( Pt 11 ) : 3821-32

DOI: 10.1099/ijs.0.063966-0

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Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum

Bérénice Batut, Carole Knibbe, Gabriel Marais, Vincent Daubin

Nature Reviews Microbiology . 12 ( 12 ) : 841-850

DOI: 10.1038/nrmicro3331

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Ribosomal proteins: Toward a next generation standard for prokaryotic systematics?

Hemalatha Golaconda Ramulu, Mathieu Groussin, Emmanuel Talla, Rémi Planel, Vincent Daubin, Céline Brochier-Armanet

Molecular Phylogenetics and Evolution . 75 : 103 - 117

DOI: 10.1016/j.ympev.2014.02.013

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Single acquisition of protelomerase gave rise to speciation of a large and diverse clade within the Agrobacterium/Rhizobium supercluster characterized by the presence of a linear chromid

Martha H. Ramírez-Bahena, Ludovic Vial, Florent Lassalle, Benjamin Diel, David Chapulliot, Vincent Daubin...

Molecular Phylogenetics and Evolution . 73 : 202-207

DOI: 10.1016/j.ympev.2014.01.005

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A Bayesian Method for Analyzing Lateral Gene Transfer

Joel Sjöstrand, Ali Tofigh, Vincent Daubin, Lars Arvestad, Bengt Sennblad, Jens Lagergren

Systematic Biology . 63 ( 3 ) : 409 - 420

DOI: 10.1093/sysbio/syu007

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Lateral Gene Transfer from the Dead.

Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Nicolas Lartillot, Vincent Daubin

Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397

DOI: 10.1093/sysbio/syt003

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L'ADN, mémoire numérique du vivant

Vincent Daubin, Simon Penel, Eric Tannier

Pour la science . : 102-108

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Contrasted evolutionary constraints on secreted and non-secreted proteomes of selected Actinobacteria

Subarna Thakur, Philippe Normand, Vincent Daubin, Louis S. Tisa, Arnab Sen

BMC Genomics . 14 ( 1 )

DOI: 10.1186/1471-2164-14-474

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Lateral gene transfer, rearrangement, reconciliation

Murray Patterson, Gergely Szöllősi, Vincent Daubin, Eric Tannier

BMC Bioinformatics . 14 ( Suppl 15 ) : S4

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Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.

Gergely J Szöllosi, Wojciech Rosikiewicz, Bastien Boussau, Eric Tannier, Vincent Daubin

Systematic Biology . 62 ( 6 ) : 901-912

DOI: 10.1093/sysbio/syt054

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Genome-scale coestimation of species and gene trees.

Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, L. Duret, Manolo Gouy, Eric Tannier, Vincent Daubin

Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330

DOI: 10.1101/gr.141978.112

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TPMS: a set of utilities for querying collections of gene trees.

Thomas Bigot, Vincent Daubin, Florent Lassalle, Guy Perrière

BMC Bioinformatics . 14 : 109

DOI: 10.1186/1471-2105-14-109

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Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.

Gergely J Szöllosi, Bastien Boussau, Sophie S Abby, Eric Tannier, Vincent Daubin

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 43 ) : 17513-17518

DOI: 10.1073/pnas.1202997109

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Modeling Gene Family Evolution and Reconciling Phylogenetic Discord

G.J. Szollosi, Vincent Daubin

Methods in Molecular Biology . 856 : 29-51

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Evolution of Prokaryotic Pangenomes

Florent Lassalle, Vincent Daubin

Horizontal Gene Transfer in Microorganisms . 978-1-908230-10-2 : 23-32

Chapitre d'ouvrage

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Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies

Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Vincent Daubin, Eric Tannier

Bioinformatics . 28 ( 18 ) : i382-i388

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts374

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Lateral gene transfer as a support for the tree of life.

Sophie S Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 13 ) : 4962-4967

DOI: 10.1073/pnas.1116871109

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High-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.

Vincent Miele, Simon Penel, Vincent Daubin, Franck Picard, Daniel Kahn, L. Duret

Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts098

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Genomic Species Are Ecological Species as Revealed by Comparative Genomics in Agrobacterium tumefaciens

Florent Lassalle, Tony Campillo, Ludovic Vial, Jessica Baude, Denis Costechareyre, David Chapulliot...

Genome Biology and Evolution . 3 ( 3 ) : 762-781

DOI: 10.1093/gbe/evr070

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Multiple Nuclear Gene Phylogenetic Analysis of the Evolution of Dioecy and Sex Chromosomes in the Genus Silene

Gabriel Marais, A. Forrest, E. Kamau, Jos Käfer, Vincent Daubin, D. Charlesworth

PLoS ONE . 6 : e21915

DOI: 10.1371/journal.pone.0021915

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Models, algorithms, and programs for phylogeny reconciliation

Jean-Philippe Doyon, Vincent Ranwez, Vincent Daubin, Vincent Berry

Briefings in Bioinformatics . 12 ( 5 ) : 392-400

DOI: 10.1093/bib/bbr045

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Tpms: a Tree Pattern-matching Utility for Querying Gene Trees Collections

Thomas Bigot, Vincent Daubin, G. Perrière

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) . : 111-112

Acte de congrès

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La notion d'espèce en écologie microbienne

T. Campillo, Malek Shams, Sally Burr, Martha Helena Ramírez-Bahena, Florent Lassalle, Franck Bertolla...

1er Colloque National d'Ecologie Scientifique .

Acte de congrès

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Toward an ecological concept for bacterial species in Agrobacterium

Tony Campillo, Florent Lassalle, M. Shams, Martha Helena Ramírez-Bahena, Jessica Baude, Celine Lavire...

12th International Conference on Plant Pathogenic Bacteria .

Acte de congrès

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Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens

Florent Lassalle, Daniel Muller, Denis Costechareyre, David Chapulliot, Celine Lavire, Laurent Guéguen...

Journées des Microbiologistes de l'INRA .

Acte de congrès

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